تناط بالمجلس العلمي الأعلى المهام التالية:
- –دراسة القضايا التي تعرضها عليه جلالتنا الشريفة؛
- –إعداد برنامج عمل سنوي يتضمن الأنشطة المقترح القيام بها من قبل المجالس العلمية الجهوية والمحلية؛
- –الإشراف على عمل المجالس العلمية الجهوية والمحلية وتنسيق أنشطتها؛
- –إصدار التوجيهات والتوصيات الرامية إلى ترشيد عمل المجالس العلمية الجهوية والمحلية وتفعيل دورها في تأطير الحياة الدينية للمواطنين والمواطنات المغاربة من المسلمين؛
- –إعداد النظام الداخلي للهيئة العلمية المكلفة بالإفتاء والمصادقة عليه؛
- –إحالة طلب الإفتاء في القضايا المعروضة عليه إلى الهيئة المكلفة بالإفتاء قصد دراستها وإصدار فتاوى في شأنها؛
- –إبداء الرأي بشأن مطابقة الأنشطة والعمليات التجارية والمالية والاستثمارية التي تقوم بها المؤسسات والهيئات المشار إليها في الفصل الخامس من الباب الثاني من هذا الظهير الشريف، لأحكام الشريعة الإسلامية ومقاصدها؛
- –إقامة علاقات تعاون علمي مع الهيآت والمنظمات الإسلامية ذات الاهتمام المشترك على الصعيد الوطني والدولي.